《海洋与湖沼》目前收稿方向有:群落结构、环境因子、浮游植物、季节变化、基因表达、生物量、三疣梭子蟹、长江口、遗传多样性、生物多样性、基因克隆、数值模拟、凡纳滨对虾、年际变化、大型底栖动物、转录组、DNA、鳗弧菌、长牡蛎、优势种、Litopenaeus vannamei、Larimichthys crocea、特征分析、生长性能、营养盐、改性粘土、多元分析、太平洋、Portunus trituberculatus、物种多样性、中尺度涡、分布特征、浮游动物、南黄海、Crassostrea gigas、大黄鱼、有效波高、高通量测序、SST、比较研究。